Et efektiivsemalt arvestada õpilaste huvisid ja võimeid ning hõlbustada õpilastel gümnaasiumiastmes valikute tegemist, diferentseeritakse õppetööd juba teises kooliastmes. Pärast neljandat klassi toimub esimene diferentseerimine – ühte klassi koonduvad reaalhuvidega õpilased.

Õpilased valivad gümnaasiumis õppesuuna, eraldi valikkursusi valida ei ole võimalik, välja arvatud 12. klassis kaks keemiakursust riigieksamit sooritada soovivatele õpilastele.

Gümnaasiumiastmes on õpilastel võimalik valida kolme õppesuuna vahel:

matemaatika-füüsika õppesuund,

bioloogia-keemia õppesuund,

reaalsuund.