Matemaatika-füüsika õppesuund (A-klassid)

Selle õppesuunaga alustati juba 1966.aastal. Põhirõhk on matemaatika, füüsika ja informaatika süvendatud õpetamisel. Selle suuna lõpetanud õpilastel on kõik eeldused jätkata oma õpinguid kõrgkoolis eelkõige majanduse ja tehnilistel erialadel.

Bioloogia - keemia õppesuund (C-klassid)

Bioloogia-kallakuga alustati Koidula Gümnaasiumis juba 1989. aastal. Sellel õppesuunal on oluliselt suurendatud bioloogia ja keemia tundide arvu, et toetada õpilaste püüdlusi jätkata õpinguid loodusteaduslikel erialadel.

Reaalsuund (R-klassid)

Lähtudes õpilaste kasvavast huvist õppida reaalteadusi just meie gümnaasiumis, avasime 2005. aastal uue reaalkallakuga klassi. Selles klassis on lisatunnid matemaatikas, füüsikas, inglise keeles ja informaatikas.
Gümnaasiumiosa klassidesse astumiseks korraldatakse katsed, kus kontrollitakse põhikoolis omandatud elementaarteadmisi põhiainetes ja eeldusi antud klassis õppimiseks.